Župnija Vipava spada med najstarejše župnije na Goriškem in se kot župnija omenja že leta 1247. Njeni začetki pa segajo že v konec 10. ali začetek 11. stoletja. Cerkveno-upravno je pripadala oglejskemu partiarhatu, kamor sta spadala tudi kraja Vipava in Postojna, ki sta bila od leta 1251 dedna fevdalna posest oglejskega patriarhata. V tem času je bila Vipava krajevno fevdalno svetišče za Zgornjo Vipavsko dolino.
V 14. stoletju se v cerkvenih dokumentih omenjajo vipavski župniki, in sicer leta 1335 duhovnik Almericus, v ustanovnem pismu iz leta 1377 pa “plebanus” Nicolaus. Vipavska fara je takrat zavzemala večji obseg kot danes dekanat, saj je obsegala tudi fare: Črni Vrh nad Idrijo, Štjak z Vrabčami, Sveti Križ z duhovnijami Ajdovščina, Lokavec, Velike Zabije, Otlica, Šmarje in Gabrje. Vipavski dekan je imel vlogo arhidiakona in je nadziral življenje duhovščine ter poročal o svojem delu oglejskemu partiarhu.
Po padcu politične moči oglejskih patriarhov so nad vipavsko župnijo dobili patronat Habsburžani. Leta 1468 je habsburški cesar Friderik III. inkorporiral vipavsko faro kolegiatnemu kapitlju v Strassburgu na Koroškem. Poslej so bili vipavski župniki ‘vikarji’ strašburskega prošta. Vipava od takrat naprej ni imela več svojega župnika, ampak so nastavljali slabo plačane vikarje. Versko življenje je tako začelo usihati. Kljub temu je imela Vipava že v srednjem veku svojo župnijsko šolo, na kateri so se šolali duhovniki, učitelji in plemiči.
V času protestantizma je postala Vipava močno luteransko središče. K temu nas navaja že dejstvo, da je bil eden najpomembnejših protestantskih piscev, Sebastjan Krelj, doma iz Vipave. Poleg tega pa je protestantizem podpiral tudi vipavski grof Lovrenc Lanthieri, kar je protestantom omogočilo neovirano delovanje.
Vipava je prišla 6.7.1751 pod goriško nadškofijo, dekanija pa je postala, ko je prišlo do delitve prevelikih župnij na manjše. Leta 1830 so uskladili cerkvene meje z upravnimi –ljubljanska škofija je dobila obseg dežele Kranjske in tako je bila Vipava priključena v ljubljansko škofijo. Iz goriške škofije sta bili ljubljanski škofiji priključeni še dekaniji Postojna in Trnovo. Do ponovne preureditve mej škofij je prišlo, ko je bilo ozemlje Primorske priključeno k Italiji, Vipava je zopet pripadla goriški nadškofiji. Leta 1947, po priključitvi k Jugoslaviji, je bila Vipava del goriške apostolske administrature. Končno pa je bila leta 1977 obnovljena koprska škofija s škofom Janezom Jenkom na čelu in Vipava je postala zelo aktiven del koprske škofije.